Genetic characterization of Xylella fastidiosa isolated from citrus and coffee plants

Abstract

The Citrus Variegated Chlorosis and the Coffee Leaf Scorch are some of the many destructive diseases caused by Xylella fastidiosa, a gram-negative bacterium limited to the xylem of affected plants. As its genetic characterization is still not well established, different isolates of X. fastidiosa from citrus and coffee were evaluated through RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) technique to characterize and classify these isolates based on similarity coefficients. Sixteen isolates of X. fastidiosa were used on this trial, obtained from citrus, coffee and almond. The genetic polymorphism evaluation was performed using six arbitrary 10-base primer pairs. It was possible to establish a dendogram in which the isolates were classified into five groups (A, B, C, D and E). A prevalence of citrus isolates in groups A and D was observed. In groups B and C, there was a prevalence of coffee isolates meanwhile the group D consisted of the almond isolate, solely.

A Clorose Variegada dos Citros e a Requeima das Folhas do Cafeeiro são algumas das várias doenças destrutivas causadas pela Xylella fastidiosa, que é uma bactéria gram-negativa e limitada ao xilema de plantas afetadas. Como a sua caracterização genética ainda não está determinada, diferentes isolados da X. fastidiosa de citros e café foram avaliados pela técnica RAPD (Polimorfismo do DNA Amplificado ao Acaso) para caracterizar e classificar estes isolados com base em coeficientes de similaridade. Foram utilizados 16 isolados de X. fastidiosa provenientes de citros, café e amêndoa. A avaliação do polimorfismo genético foi realizada utilizando seis iniciadores randômicos de 10 pares de base. Foi possível estabelecer um dendograma no qual os isolados foram classificados em cinco grupos (A, B, C, D e E). Nos grupos A e D existe uma forte predominância de isolados de citros. Nos grupos B e C há predominância de isolados de café enquanto no grupo E ficou apenas o isolado de amêndoa.