Em um programa de melhoramento, o estudo da diversidade genética em bancos de germoplasma (BAGs) é de primordial importância, principalmente no início, na definição de estratégias de ações. Com o advento dos marcadores baseados em DNA e da percepção das suas vantagens, tornou-se crucial o uso dessa técnica na complementação do acesso a diversidade genética, de forma a suplementar e refinar as classificações com base em marcadores morfológicos. Dessa forma, esse trabalho objetivou comparar o poder discriminatório e a eficiência dos marcadores moleculares RAPD, AFLP e SSR na estimativa das similaridades genéticas de 94 subamostras de Coffea canephora, mantidas no programa de melhoramento genético da Embrapa Rondônia. Para isso, os parâmetros níveis de polimorfismos e informatividade dos marcadores foram considerados. Nessas análises foi possível observar que o nível de polimorfismo para os três marcadores foi alto, quando comparado com o polimorfismo em Coffea arabica outra importante espécie do gênero Coffea. Além disso, os marcadores SSRs destacaram-se pelo alto teor informacional, enquanto que os AFLPs foram eficientes na detecção de grandes quantidades de polimorfismo com o uso de poucos primers. Com isso, nossos resultados demonstraram que para estudos de diversidade todos os três marcadores são eficientes, no entanto, a escolha de uma metodologia em detrimento de outra deve ser feita com cuidado, levando em consideração o objetivo de cada trabalho, assim como, os recursos disponíveis.
In breeding program, the study of genetic diversity in bank of germplasm is very important, especially in the initiation, when define strategic of actions. The advent of DNA-based markers and perception of its advantages, has become crucial to use this technique to complement access to genetic diversity in order to supplement and refine the classifications based on morphological markers. Thus, this study compares the discriminatory power and efficiency of RAPD, AFLP and SSR in the estimation of genetic similarities of 94 subsamples of Coffea canephora, kept in the breeding program of Embrapa Rondonia. For this, the parameters levels of polymorphism and informativeness of the markers were considered. In these analysis we observed that the level of polymorphism for the three markers is higher than in Coffea arabica, another important species of the genus Coffea. Moreover, SSRs markers were highlighted by the high informational content, while AFLPs were effective in detecting large amounts of polymorphism using few primers. Thus, our results demonstrated that for diversity studies, all three markers are efficient, however, the choice of one methodology over another must be done carefully, taking into account the objective of each work, as well as the resources available.
